A Skonto Rigának elég volt két évtized ahhoz, hogy Lettország legeredményesebb labdarúgóklubja legyen, de végül a végzet náluk is beköszöntött.

Az 1991-ben alapított rigai gárda rögtön a lett élvonalba kezdte meg a szereplését, akkor még Forums-Skonto néven. A debütáló szezonja fantasztikusan indult, ugyanis a Marks Zahodins által irányított csapat rögtön egy bajnoki címmel nyitott. Még a bajnokság közben Lettország elnyerte a függetlenséget a nem sokkal később felbomló Szovjetuniótól, így létrejöhetett az önálló lett liga, de ez cseppet sem törte meg a Skonto lendületét, akik újra bajnokok lettek. Ebben a szezonban már a frissen létrejött Lett kupa első kiírását is sikeresen abszolválták. 1992-ben már az európai porondba is belekóstolhattak, ahol a BL selejtezőben a KÍ Klaksvík legyőzése után a Lech Poznan már túl nagy falatnak bizonyult. Egyébként a rigai csapatban pályára lépett Aleksandrs Jelisejevs, aki később fél évig a Stadler FC-ben is megfordult.

A kékben játszó Poznan hazai pályán 2:0-ra győzött, ami végül elég volt a továbbjutáshoz.

A kezdeti két bajnoki cím után Aleksandrs Starkovs vette át a csapatot, akivel nem volt megállás és zsinórban 11 bajnoki címet szereztek, emellett hatszor a Lett kupát is bezsebelték. A bajnoki címek megnyerése között rendszeresen próbálkozhattak az európai porondon, azonban legtovább csak három körig jutottak. Viszont Starkovs irányítása alatt olyan csapatokat is fogadhattak az európai porondon, mint a Spartak Moszkva, a Dynamo Moszkva, az Aberdeen, a Napoli, a Malmö, a Maribor, a Rapid Bukarest, a Barelona, az Internazionale, vagy a Chelsea. Az 1994/95-ös UEFA kupa kiírásában az Aberdeen-t képesek voltak kiejteni, de 1999-ben 10:0-s összesítéssel lépték le a luxemburgi Jeunesse Esch csapatát, hogy aztán a következő körben a Rapid Bukarestet is megtréfálhassák, viszont az utánuk érkező Chelsea csak hazai pályán bírta ellenük kivívni a továbbjutást.

Az európai porond mellett előfordult, hogy a válogatott gerincét is a Skonto játékosai alkották: Maris Verpakovskis, Marian Pahars, Igors Stepanovs, vagy Mihails Zemlinskis. Utóbbi egyébként 252 bajnokit játszott a klub színeiben, ami máig klubrekord, de rövid ideig 1994-ben a BVSC játékosa is volt. Az említett játékosok a 2004-es EB selejtezőn a mi válogatottunkat is megelőzve végeztek a csoport második helyén, ami ugyan pótselejtezőt jelentett, de a törököket végül kiejtve kijutottak az EB-re. A magyar-lett párharc mindkét esetben 3:1-es hazai sikert hozott és mindkét esetben volt egy duplázó.

A 2004-es bajnoki címet a gárda már nem Starkovs-al érte el, aki őszkor elfogadta a Spartak Moszkva ajánlatát. Helyét Jurijs Andrejevs vette át, aki 2005 őszén lemondott, miután a gárda az európai porondon kapott egy hatost a makedón FC Rabotnichki-től.

Jurijs lemondott

A Skonto uralmát 2005-ben a Liepajas Metalurgs törte meg, de a zsinórban megnyert 14 bajnoki címük így is egyedülállónak számított Európában. Jurijs helyét az angol Paul Ashworth vette át, aki előtte már a Ventspils és a FK Riga élén is dolgozott, így nem volt számára ismeretlen a helyi bajnokság. Az angol négy év és négy hónapig irányította a csapatot, akikkel többször is próbálkozhatott az európai porondon, de a második körnél sosem jutottak tovább. Paul távozása után Starkovs visszatért, hogy még egy bajnoki címet bezsebeljen a csapattal. Máig ez volt az utolsó bajnoki címe a klubnak.

A visszatérő edző 2011. januárjában távozott, a csapat pedig ezt követően először a negyedik, majd zsinórban négyszer a második helyet csípték el a bajnokságban. A Lett kupát 2012-ben ugyan megnyerték, de 2014-ben már a döntőt elbukták. Az európai porondon utoljára a Debrecen ellen játszottak, még az Európa liga selejtezőjében. A Loki hazai pályán 9:2-re győzni tudott, ami klubrekordot is jelentett.

A gárda pénzügyi gondjai akkor kezdődtek, mikor 2012-ben a csapat tulajdonosa, Guntis Indriksons távozott, majd egy évvel később a szponzor is kiszállt a klub mögül. Ez komoly csapás volt az élvonalbeli gárdának, mivel jelentős bevételtől esett el, ami a bérek és egyéb kifizetések hosszú távú késedelméhez vezetett. A 2014-es szezon kezdete előtt a Skonto élvonalbeli szereplése kérdésessé vált, de végül megkapták a szükséges licencet. AZ UEFA azonban (a tartozások miatt) már nem volt ennyi kegyes a csapathoz, amely megtagadta a klubtól, hogy elinduljanak a 2014/15-ös Európa ligában, így onnan sem remélhettek bevételeket.

Ezt követően a következő dolgok történtek a gárdával:

• 2014. május. 30: A Lett Labdarúgó Szövetség átigazolási tilalmat szabott ki a klubra addig, amíg az nem rendezi a tartozásait.
• Július. 6: A Skonto játékosai a fizetéseik tartós elmaradása miatt megtagadják az FK Liepaja elleni idegenbeli mérkőzést.
• Július. 14: A gárda egykori válogatott játékosa, Vladimirs Kolesnicenko lemond a klubelnöki pozíciójáról. Helyére Igors Zaicevs vette át.
• Szeptember. 2: Három pontot levonnak a csapattól, mivel az előírt határidőn belül nem teljesítették a kötelezettségeket.
  
  
• Szeptember. 17: A gárda fellebbezését elfogadja a Szövetség és végül 1 pontra mérsékli a levonást.
• Október. 14: Az Állami Adószolgálat felfüggesztette a klub gazdasági tevékenységét.
• Október. 15: Négy pontot vontak le a gárdától, így a matematikai esélyük is elszállt a bajnoki cím megszerzésére. Ugyanezen a napon Zaicevs lemondott.
• November 26: A Skonto kiegyenlíti az adósságait az akkori és a korábbi játékosokkal szemben, viszont az Állami Adóhivatalnak továbbra is tartoznak.

A 2016-os szezonban a csapat már el sem indulhatott az elsőosztályban, helyette a másodosztály várhatott rájuk, ahol a 15 csapatos bajnokságban csupán a hatodik helyen végeznek. 2016 decemberében csődöt jelentettek. 2017-ben az RTU FC-vel közösen létrehozták a Skonto Academy csapatát, de két év múlva ez is megszűnt. Egyébként a klub szurkolói továbbra is aktívak. Főleg szurkolói versenyeken vesznek részt és a válogatott meccsein is megjelennek.

Érdekesség: A Skonto Riga volt az első külföldi csapata, az egykori középpályásnak, a felvidéki születésű Marian Sluka-nak, aki később hazánkban is megfordult. A jelenleg az NS Mura U19-es csapatát irányító edző előtte a Szentlőrinc SE és a Dorog csapatát is edzette.