A jénai klub a hatvanas évektől, az akkor még külön államként működő Kelet-Németország egyik legkiemelkedőbb csapatának számított, azonban az 1990-ben bekövetkezett német újraegyesítés után minden megváltozott.

Az alapításuk a helyi Carl Zeiss AG (vagy ZEISS néven is ismert) gyárból indult. Az 1846-ban létrejött üzem, optikai rendszerek gyártásával foglalkozik, de maga a futball klub létrejött 1903 májusára tehető, amelyben eleinte csak a cég alkalmazottai voltak benne, de a következő év nyarától a tagság már a „nagyközönség” számára is elérhetővé vált. A kezdeti évtizedekben a Kelet-Türingiai bajnokságban szerepeltek, amit 12 alkalommal meg is nyertek.

Ezt követően 1933-ban létrejött a Gauliga, amiben ugyan négyszer is a csúcsra értek a saját divíziójukban, de a nemzeti döntőben már a jelentős eredmények elmaradtak. Ekkora már több válogatott játékos is szerepelt náluk, de a legelső, aki eljutott a nemzeti csapatig, Willy Krauß volt. Az egykori középpályás még 1911. március 26-án, a svájciak elleni 6:2-re megnyert barátságos mérkőzésen debütálhatott, de később még pályára léphetett a magyar válogatott elleni 4:4-re végződő mérkőzésen is.

A második világháború (1939 – 1945) után a szovjetet megszállták Németország keleti részét és betiltottak minden típusú egyesületet, köztük a sport- és futballklubokat. 1946 júniusáig kellet várni a következő alapításig, az akkor létrejött gárda az SG Ernst Abbe Jena néven indult, és sok más kelet-németországi klubhoz hasonlóan, a következő években ők is több névváltoztatáson estek át.

Még a második világháború után, a keleti hatóságok a sportcsapatokat szocialista hősök nevével jelölték meg. Így kerülhetett a képbe Ernst Abbe, aki akkor, a már említett ZEISS Optikai Műveknél igazgató és társtulajdonos volt. Az egykori társtulajdonos, matematikus és fizikus, arról volt nevezetes, hogy ő járult hozzá a munkások helyzetének enyhítéséhez. Ernst ugyanis nem felejtette el, hogy édesapja napi 14 órát dolgozott (apja még így is nehezen tudta a családját eltartani), ezért a jénai gyárban bevezette a 8 órás munkarendet, ami később a 19. század végén a munka mérföldkövének számított

Carl Zeiss (balra) és Ernst Abbe (jobbra) remek párosnak bizonyultak. Előbbi 1866-ban megkérte Abbe-t, néhány optikai probléma megoldására és bár eleinte üzleti csőd közelbe kerülte, végig hitt Ernst-be, aminek meg is lett a pozitív eredménye.

Közben 1950-ben létrejött az akkori kelet-német másodosztály, a DDR Liga. A jénai klub nem csak, hogy az alapító tagja volt, de a második szezon végén már a feljutásukat ünnepelhették, azonban ekkor még csak átszálló jegyük volt az élvonalba. Noha 1957-re vissza is jutottak, a soron következő évtől már Georg Buschner, a gárda hátvédje irányította a csapatot, akivel három évvel később német kupát nyertek. Gyakorlatilag innen kezdődött a klub aranykora.

Az 1960-ban megnyert kupadöntő megnyitotta a kaput az Európa Kupába. A nemzetközi porondon a Jena egészen az elődöntőig menetelt, ahol az Atlético Madrid legyőzte a németeket. A Buscher éra során a klub háromszor is bajnok lett, de többször is a tabella első felében végeztek. Georg-ot végül 1970-ben kinevezték a Kelet-Német válogatott élére, és 1 évig még párhuzamosan irányította mindkét gárdát, majd jöhetett Hans Meyer, aki előtte szintén a klub játékosa volt. Az ő irányítása alatt ’81-ben bejutottak a Kupagyőztesek Európa Kupájának döntőjében, ahol 2:1-re kikaptak a Dinamo Tbilisszi-től.

Ezt követően az elmúlt két évtized sikerei elmaradtak, és a klub középcsapattá vált. Meyer 1983-ban távozott (de menedzseri pályafutása során beugrott a 1993/94-es szezonra). A nyolcvanas években már csak egy harmadik helyre futotta a bajnokságban, de 1988-ban bejutottak a kupadöntőbe, ami ismét európai szereplést eredményezett. A nemzetközi porondon ezúttal csak a második körig jutottak, ahol a Sampdoria-tól 3:1-re kikaptak, és mint később kiderült, máig ez volt az utolsó európai szereplésük. Így jutottunk el 1990-ig, Németország újraegyesítéséhez.

Az újraegyesítést követően a 14 csapatos keleti első osztályt úgy osztották el, hogy az első (Hansa Rostock) és a második (Dynamo Dresden) a Bundesliga-ba, a 3. – 6. helye között lévő csapatok. Mivel a jénai csapat pont a hatodik helyen végzett, ezért a másodosztályra készülhettek, és mint utóbb kiderült, hogy ez a bajnokság nem csak nekik, hanem több akkori csapatot is elindított a lejtőn (róluk a későbbieknek lesz szó). Kijelenthető tehát, hogy az aranykoruk ezzel lezárult, és megkezdhetett a lejtmenetük.

Az 1991/92-es csapat

A Jéna eleinte a tabella felsőházában tartozott a másodosztályban, de a vég három szezon utolérte őket, hiába hívták vissza a kispadra Meyer-t. Ugyan egyből vissza is jutottak a saját nevelés, Mark Zimmermann vezetésével, aki 19 gólt szerzett, de a másodosztálytól három szezon után ismét búcsúztak. Ekkor már 1998 nyarát írtunk és a java még csak most jött, már ami a lecsúszásukat illeti. A Regional ligából is három év után búcsúzták, ami azt jelentette, hogy újabb mélységek vártak a gárdára.

Mark Zimmermann később az edzői stábban is helyet kapott, de irányíthatta az U19-es csapatot, majd a felnőtt gárdát is.

Négy szezon és egy kis bajnoki átszervezés is kellett, hogy a sárga-kékek ismét a Bundesliga 2-re hangolódjanak. 2007-ben, azon kívül, hogy abban a szezonban Torghelle Sándor is a csapatot erősítette, az orosz Alpha Invest Group Corporation 25 milliót ajánlott fel a szövetségnek, a klub 49%-áért, de a DFL végül elutasította az ajánlatot, mert többek között Mihail Guzeriev, orosz oligarcha állt a cég mögött, akit Oroszországban – legalábbis az akkori lapértesülések szerint – köröztek. 2008-ban, két szezon után búcsút inthettek a másodosztálynak, és az óta sem kerültek vissza. Közben a Duchatelet család ide is letette a székhelyét 2013-tól. 

Ezután hol a harmad-, hol a negyedosztályban szerepelt a klub, közben Zimmermann is irányíthatta a gárdát, de volt itt metál együttessel (Heaven Shall Brun) mezszponzori szerződés is, és  többször is elnököt váltottak. A 2012/13-as szezonban Dvorschák Gábor is megfordult a csapatban, aki jelenleg az NBIII Keleti csoportban szereplő Kazincbarcikát erősíti. A jénai gárda jelenleg a negyedosztályban szerepel.

Tabella: KATT