A debreceni csapat 1930-ban, első vidéki csapatként hódította el a Magyar kupát, de később a végzet is megjelent a klub háza táján.

A csapatot 1926. július 31-én alapították profi labdarúgó klubként Debrecenben, Bocskay FC néven. A gárda színe a sárga-kék lett és csak a harmincas évektől kezdték el Bocskai FC-ként írni a nevüket. Mivel a régió egyetlen profi csapata voltak, így nem volt nehéz szerződések útján játékosokat szerezni. Főleg a DVSC-től érkeztek a labdarúgók, de a város többi, illetve a környék csapataiból is „csipegettek”. Ez után fogalmazhatunk úgy is, hogy amolyan kerületi válogatott jött létre Debrecenben. A profi liga bevezetése után a másodosztályban kaptak besorolást, ahol 1927-ben másodikak lettek és az osztályozót sikeresen abszolválva, végül feljutottak az élvonalba.

Első nekifutásra csupán a 11. helyet szerezték meg, csupán egy ponttal előzték meg a kieső, később megszűnő Attila FC-t. A következő szezonokra felzárkóztak a nagyok közé és az 1929/30-as években az ötödik helyen végeztek és emellett a Magyar Kupa döntőjébe is bejutottak, ahol a Szegedi Bástyát 5:1-re legyőzték (Teleki Pál mesterhármast szerzett). Így lett a Bocskai FC a vidék első kupagyőztese.

Az 1930/31-es szezonban a negyedikek lettek és 1931-ben elindulhattak a Közép-Európai kupában, de ott a későbbi győztes (napjainkban már elsüllyedt) First Vienna simán, 7:0-s összesítéssel túllépett a sárga-kékeken. A kiütés még nem törte meg a gárdát, amely a következő években ott volt a tabella első felében. Az 1933/34-es szezon végén a harmadik helyet csípték el, amellyel megtörték az évek óta dobogón lévő három fővárosi nagycsapat (Fradi, MTK és Újpest) hegemóniáját. Erre a profi évek alatt más honi csapat nem volt képes, ráadásul a Bocskai mindezt első vidéki csapatként tette meg.

Az 1934-es olaszországi VB-re öt játékost adtak a magyar válogatottnak. Még azon a nyáron a Közép-Európai kupában is szerepelhettek, de Bologna – amely szintén a későbbi győztes lett – ellen búcsúzni kényszerültek, 3:2-es összesítéssel. A debreceni visszavágó (2:1 a Bocskainak) érdekessége, hogy akkor adták át a Nagyerdei stadiont. Gyakorlatilag ez volt a csúcs és jöhetett a lecsúszás.

A harmincas évek végén már a kiesés elleni harcról szóltak a bajnoki szezonok és közben az anyagi gondok is egyre nehezebbé tették a klub helyzetét. Felmerült egy olyan lehetőség is, hogy fiókcsapat lesznek, de eléggé abszurdnak hangzott volna, ha a szombathelyi Savaria FC-vel megegyeztek volna.

A vég végül 1940-ben érte utol a gárdát és még ebben az évben megszűnt a kék-sárga alakulat, ugyanis erős anyagi háttér híján a klub nem bírta el az NBI pénzügyi követelményeit és az MLSZ is erősen rászállt a csapatra tartozásai miatt. Az együttes vezetősége a feloszlás után kérte a város vezetőségét, hogy a klub tulajdonában lévő értékeket mentség meg. A polgármester megértéssel reagált a kérésre. A megszűnt csapat kellékeit 1941-ben a KLASZ-ban (Keletmagyarországi Labdarúgó Alszövetség) szereplő szegényebb egyesületek (három ifi együttes) kapták meg, míg az elnyert díjai, ereklyéi a debreceni Déry Múzeumba kerültek.